Distribución geográfica de los casos totales y los casos de las últimas 24h (obtenidos a partir de la declaración agregada de casos del Ministerio de Sanidad).
Punto: casos diarios; línea: tendencia estimada con regresión local (loess) con alpha=0.3 (parámetro de suavizado) y lambda=2 (grado polinomio local). Se excluyen los datos de hospitalizados y UCI del día 26 de abril por incluir un cambio en el criterio de notificación.
Distribución del porcentaje de casos, hospitalizados, UCI y fallecidos por sexo y edad. Estimaciones obtenidas a partir de datos individualizados RENAVE).
Curva de crecimiento de la pandemia. TC: tasa crecimiento, TD: tasa de duplicación, FP: fecha pico, TR: tasa reducción a la mitad. Estimaciones realizadas con los datos agregados notificados por las CCAA al Ministerio de Sanidad.
El número de reproducción básico instantáneo (Rt) es el número promedio de casos secundarios que cada sujeto infectado puede llegar a infectar en una etapa de tiempo (t). Estimaciones realizadas con los datos acumulados notificados por las CCAA al Ministerio de Sanidad. Consultar “Limitaciones” en la entrada “Documentación”.
Actualización diaria de la situación de COVID-19 en España, con información geográfica y características epidemiológicas de los casos de COVID-19 (referidos siempre a casos con confirmación virológica por PCR), así como de indicadores de evolución de la pandemia. Resultados obtenidos a partir de la notificación agregada diaria de las CCAA al Ministerio de Sanidad (datos agregados Min. Sanidad), y de la información individualizada de las CCAA a la Red Nacional de Vigilancia Epidemiológica (RENAVE) (datos individualizados RENAVE).
En este panel se presentan tres apartados que se refieran a la información sobre COVID-19 en España: Panel COVID-19, Informes COVID-19 y la tercera pestaña apunta a la información que facilita el Ministerio de Sanidad en su página web sobre COVID-19. Otros dos apartados se refieran a información obtenida con fuentes de datos poblaciones, como las defunciones diarias por todas las causas: Panel MoMo e Informes MoMo. Ambos paneles disponen de información específica sobre las estimaciones realizadas con el sistema MoMo.
En el Panel COVID-19 hay una actualización diaria de la situación de COVID-19 en España, con información geográfica y características epidemiológicas de los casos, así como de indicadores de evolución de la pandemia. Los resultados que se presentan en este panel se obtienen a partir de dos formas diferentes de presentación de la información recogida por los servicios de vigilancia epidemiológica de las CCAA (RENAVE):
Declaración diaria del número de casos agregados de COVID-19 al Centro de Coordinación de Alertas y Emergencias (CCAES) del Ministerio de Sanidad. Los datos contienen información sobre casos totales, hospitalizados, admisiones en UCI, fallecidos y recuperados.
Declaración individualizada de casos de COVID-19 a través de la plataforma informática vía Web SiViES que gestiona el Centro Nacional de Epidemiología (CNE). Esta información procede de la encuesta epidemiológica de caso que cada CA cumplimenta ante la identificación de un caso de COVID-19 y contiene datos demográficos, epidemiológicos y clínicos de los casos de COVID-19 identificados en España.
La notificación agregada permite conocer la evolución de pandemia más reciente, mientras que la información individualizada, que requiere completar la encuesta de caso, lleva un tiempo de demora si la comparamos con la anterior. Sin embargo, ofrece una información más completa de las características epidemiológicas y clínicas o los factores de riesgo y enfermedades de base que podrían estar asociados a los casos de COVID-19 identificados en España.
En cada una de las tablas y figuras del Panel COVID-19 se señala el tipo de datos utilizados en el análisis.
La población utilizada para el cálculo de las tasa de incidencia a 14 días proceden de las cifras oficiales de población resultantes de la revisión del padrón municipal a 1 de enero del Instituto Nacional Estadística de 2019.
En la evolución diaria según el nivel de gravedad se representa una línea de tendencia estimada con regresión local (loess) con alpha=0.3 (parámetro de suavizado) y lambda=2 (grado polinomio local). Además se excluyen los datos de hospitalizados y UCI del día 26 de abril por incluir un cambio en el criterio de notificación.
En la evolución diaria de la pandemia estimamos los siguientes parámetros:
La tasa de crecimiento y decrecimiento con el tiempo de duplicación de los casos y el tiempo en reducirse a la mitad. Se utilizan ventanas de tiempo de siete a nueve días. Para ello se realiza un análisis de regresión lineal con el logaritmo del número de casos diario de COVID-19 como variable dependiente y el tiempo de declaración del caso como independiente. El paquete utilizado es: R: incidence (Thibaut Jombart, Zhian N. Kamvar, Rich FitzJohn, Jun Cai, Sangeeta Bhatia, Jakob Schumacher and Juliet R.C. Pulliam (2020). incidence: Compute, Handle, Plot and Model Incidence of Dated Events. R package version 1.7.1. URL https://doi.org/10.5281/zenodo.2584018)
Además estimamos el número de reproducción básico instantáneo (Rt), que es el número promedio de casos secundarios que cada sujeto infectado puede llegar a infectar en una etapa de tiempo (t). Lo hacemos con el paquete estadístico: R EpiEstim (Anne Cori (2019). EpiEstim: Estimate Time Varying Reproduction Numbers from Epidemic Curves. R package version 2.2-1. https://CRAN.R-project.org/package=EpiEstim) La estimación del número de reproducción básico instantáneo se hace con un modelo de Poisson, usando un marco bayesiano para la construcción de los intervalos de confianza (“credible interval”), según métodos propuestos por los autores del paquete (Cori A, Ferguson NM, Fraser C, Cauchemez S. A New Framework and Software to Estimate Time-Varying Reproduction Numbers During Epidemics. Am J Epidemiol 2013;178(9):1505-1512). Si las etapas de tiempo en las que se quiere calcular el Rt (o Ri) son muy pequeñas, las estimaciones pueden tener mucha variabilidad, por lo se suelen calcular sobre ventanas de tiempo de más larga duración. Nosotros lo calculamos (de momento) en ventanas de siete días, pero podemos cambiar para ajustar la precisión de la estimación ajustando el tamaño de la ventana.
Para calcular los parámetros de evolución de la pandemia a partir de la declaración agregada se utiliza la fecha de notificación al Ministerio de Sanidad. Los datos agregados de COVID-19 se pueden consultar en la sección datos (abajo). La serie de casos diarios que se obtiene a partir de los casos acumulados en el CSV no coincide exactamente con la serie de casos diarios que se utiliza para el cálculo de Rt en este panel. Para este cálculo se utiliza una serie que el CCAES (Ministerio de Sanidad) corrige diariamente con las CCAA, para intentar ajustar en lo posible el número de casos diarios a cada día de la notificación agregada de casos acumulados. Esta serie no estará disponible hasta que se complete su consolidación.
Las estimaciones de Rt son diferentes si el análisis se realiza a partir de la declaración agregada al Ministerio de Sanidad y de la individualizada a la RENAVE. Las características de ambas estimaciones son:
Los datos agregados notificados por las CCAA al Ministerio de Sanidad están disponibles aquí.